Po tajemniczej katastrofie samolotu, 48 osób pozostaje zdanych na własne siły na wyspie Pacyfiku… mile poza kursem. Szybko staje się oczywiste, że będą musieli poradzić sobie nie tylko z siłami natury, ale także z sekretami wyspy, jak Dharma Initiative, tajemniczymi cyframi, Innymi oraz dziwnym czarnym dymem, a to tylko kilka z wielu sekretów wyspy… Jest znacznie więcej niż widać na pierwszy rzut oka. Okazuje się, że każdy jest połączony w jakiś sposób i, że każdy ma cel, by żyć na wyspie… i jakiś, by umrzeć.
Kate schodzi pierwsza do otwartego bunkra, jednak w trakcie opuszczania jej do wnętrza szybu, zapala się oślepiające światło a Kate znika. Locke postanawia pójść za nią, jednak i on znika w tajemniczych okolicznościach. Jako ostatni schodzi Jack. Okazuje się, że w bunkier zamieszkuje pewien człowiek, który związany jest z przeszłością Jacka. Shannon i Sayid szukają Vincenta w dżungli.
Sawyer ratuje Michaela, który rozpacza po porwaniu jego syna przez Innych, jednak Michael obwinia Sawyera, o to że ten namawiając go do odpalenia racy ściągnął na nich niebezpieczeństwo i przez to jego syn został uprowadzony. Rozbitkowie z tratwy zauważają, że dryfują z powrotem w kierunku Wyspy – gdy dopływają na plażę z dżungli wybiega Jin, którego goni grupa nieznanych im osób....
Michael, Sawyer i Jin zostają wrzuceni do wielkiego dołu przez nieznane im osoby. Gdy rozważają możliwość ucieczki, do dołu zostaje przez brutalnego Murzyna zrzucona Ana-Lucia. Ana twierdzi, że jako jedyna przeżyła katastrofę samolotu 815 i żyje w dżungli, zbiera owoce, a Oni ją porwali i wrzucili do dołu. Gdy rozbitkowie zaczynają jej wierzyć, ona uderza Sawyera i zabiera mu pistolet. Okazuje się, że współpracuje z potencjalnymi Innymi. Tymczasem w naszym bunkrze Desmond daje naszym rozbitkom film do obejrzenia. Opowiada on historię Inicjatywy DHARMA, projektu, który w latach 70. założyła dwójka naukowców i funkcjonuje na Wyspie. Są przeprowadzane badania na temat różnych dziedzin (więcej w artykule: Inicjatywa DHARMA), a my znajdujemy się w stacji nr 3 – Łabędź. Pierwotnie badało się tu elektromagnetyzm, ale po nastąpieniu tzw. „incydentu” załoga musi wpisywać co 108 minut do komputera szyfr składający się z liczb Hurleya: 4, 8, 15, 16, 23, 42.
Hurley stara się podzielić zapasy znalezione w bunkrze, ale nie wiedząc w jaki sposób to zrobić, prosi o pomoc Rose. Sawyer, Michael i Jin dowiadują się, że ludzie, którzy ich uwięzili to tzw. „ogonowcy”, a więc pasażerowie lotu 815 z tylnej części samolotu. Sayid i Jack próbują zbadać strukturę bunkra.
Rozbitkowie z tylnej części samolotu nakazują Michaelowi, Sawyerowi i Jinowi prowadzić się do obozu gdzie mieszkają pozostali rozbitkowie. Przy okazji wspólnej podróży mają okazję lepiej się poznać. Ana-Lucia jest zdecydowaną przywódczynią grupy. Tymczasem Sun gubi obrączkę ślubną. Jack opowiada jej jak szukał swojej. W czasie podróży od rozbitków pod pretekstem nazbierania owoców ucieka Michael, który szuka Walta. Jin i Mr Eko szukają go. Mijają się z Innymi, jednak widzą tylko ich nogi i ciągniętego misia. Gdy Libby obwieszcza jego zniknięcie, Ana chce ich zostawić, tak uważa też Sawyer. Wierzy, że Eko wróci, a na pozostałych jej nie zależy i, gdyby nie protesty Libby, tak by uczyniła. Jin i Eko znajdują Michaela przy wodospadzie. Przekonują go, żeby powrócił, a jak już znajdą obóz to poszukają Walta wspólnie. Michael daje się uprosić. Tymczasem Locke opowiada Charliemu o tajemnicach związanych ze stacją Łabędź Inicjatywy DHARMA – tajemniczego bunkra.
Charlie staje się zazdrosny o Claire, kiedy widzi jak Locke pomaga dziewczynie w opiece nad dzieckiem. Sayid buduje namiot dla Shannon, tymczasem ona ponownie miewa wizje, w których występuje Walt – biegnie zatem z Vincentem do dżungli. Stan Sawyera pogarsza się i „ogonowcy” zmuszeni są do zbudowania noszy dla niego, nagle w dżungli słyszą szepty...
Odcinek w pełni poświęcony rozbitkom z tylnej części samolotu – tzw. „ogonowcom”. Ukazuje ich życie na Wyspie aż do spotkania z pozostałymi rozbitkami lotu 815.
Gdy Shannon zostaje zabita przez Anę-Lucię, Sayid wyciąga pistolet i mierzy do niej, jednak zostaje szybko obezwładniony przez Mr.'a Eko i następnie przywiązany do drzewa. Eko decyduje się zanieść nieprzytomnego Sawyera do obozu – wychodząc z dżungli napotyka Jacka i Kate grających w golfa. Reszta rozbitków dociera do głównego obozu.
W bunkrze Jack zajmuje się rannym Sawyerem. Tymczasem w dżungli Kate widzi czarnego konia, który związany był z jej przeszłością. Shannon zostaje pochowana. Eko pokazuje Locke’owi ciekawy przedmiot w postaci krótkiego fragmentu taśmy filmowej ukrytej w Biblii...
Claire spotyka Eko i postanawia się do niego przysiąść i porozmawiać. W trakcie rozmowy Eko dowiaduje się o znalezionych w dżungli przez Charliego figurkach Matki Boskiej. Gdy odnajduje Charliego łowiącego ryby z Jinem naciska na niego aby ten zaprowadził go do miejsca, w którym znalazł owe figurki. Kate strzyże Sawyera. Michael stara się nawiązać kontakt z Waltem poprzez komputer w bunkrze.
Michael ogłusza Locke’a a następnie grozi Jackowi bronią i zamyka ich w zbrojowni, idąc samemu na poszukiwanie syna. Jack postanawia wyruszyć za Michaelem, dołączają do niego Sawyer i Locke. W dżungli Jack, Locke i Sawyer spotykają brodatego kapitana statku, który porwał Walta...
Odcinek rozpoczyna się retrospekcją a właściwie snem, który dotyczył dzieciństwa Charliego. Rozmawiając z Mr. Eko na temat swoich snów, Eko podsuwa Charliemu stwierdzenie, że sny mają pewne znaczenie. Jack pomaga zbudować namiot Anie-Lucii. Locke rekwiruje ukryte przez Charliego statuetki Matki Boskiej wypełnione heroiną i zamyka je w zbrojowni bunkra. Eko zostaje poproszony przez Claire o ochrzczenie Aarona.
Hurley pokazuje Sayidowi radio, którego wcześniej używał Bernard, jednak Jarrah nie jest zainteresowany urządzeniem. Podczas pracy w ogródku Sun zostaje napadnięta i wywleczona w głąb dżungli. Kate i Sawyer słysząc krzyk biegną jej na pomoc i znajdują ją nieprzytomną. Ana-Lucia stwierdza, że Inni powrócili, dlatego najlepszym sposobem byłoby sformowanie „armii” do obrony przed Innymi. Jack dowiaduje się od Sawyera, że Locke ukrył przed nim broń z bunkra, jednak jak się później okazuje, Sawyer wykiwał Locke’a i Jacka, ponieważ odkrył miejsce gdzie John ukrył broń i sam ją zarekwirował...
Ana-Lucia zabiera Sayida w głąb dżungli i pokazuje mu przechadzającą się Russeau. Sayid postanawia porozmawiać z Francuzką, ta stwierdza, że go szukała i chce mu coś pokazać. Francuzka zabiera Irakijczyka do złapanego przez nią pewnego człowieka, którego uznaje za jednego „Innych” – człowiek, który wisi na drzewie w pułapce Russeau przedstawia się jako Henry Gale – twierdzi, że leciał balonem i rozbił się na Wyspie. Sayid postanawia zabrać rozbitka do bunkra i dokładnie go przesłuchać. Tymczasem Hurley pomaga Sawyerowi znaleźć rzekotkę, która swoim skrzeczeniem doprowadza Sawyera do szału.
Aaron dostaje gorączki i wysypki, Claire nie wiedząc co robić budzi Locke’a, ten postanawia pójść po Jacka. Jednak w tym czasie zjawia się Russeau, która mówi że dziecko zostało zarażone. Claire postanawia przypomnieć sobie porwanie i wrócić do miejsca, w którym Ethan ją przetrzymywał... Eko chce porozmawiać z więzionym w zbrojowni bunkra Henrym Gale’em.
Locke prosi Anę-Lucię o przesłuchanie Henry’ego Gale'a. Tymczasem Sun pyta Sawyera, który zarządza lekarstwami o test ciążowy. Ana-Lucia bez wiedzy Jacka i Locke’a pokazuje mapę do balonu (narysowaną przez Gale'a) Sayidowi i Charliemu – cała trójka wyrusza na poszukiwanie balonu w głąb dżungli.
Ana-Lucia, Sayid i Charlie wciąż szukają balonu, gdy nagle go odnajdują. Tymczasem w bunkrze opadają grodzie przeciwwybuchowe i odcinają Locke’a od dalszych części bunkra – Locke jest zmuszony współpracować z Henrym Gale’em. Jack postanawia zagrać w pokera z Sawyerem i wygrać od niego lekarstwa, które ukrywa. Wieczorem Kate i Jack napotykają zrzut z żywnością dla Projektu DHARMA. Charlie, Sayid i Ana-Lucia powracają z poszukiwań balonu – wychodzi na jaw prawdziwa tożsamość Henry’ego Gale'a...
Hurley za namową Libby niszczy zapasy żywności, które ukrył, gdy nagle kilkoro rozbitków z Jinem i Sun na czele biegnie w stronę zrzutu żywności Projektu DHARMA. W dżungli Hurley widzi swojego starego przyjaciela Dave’a... Tymczasem w bunkrze Sayid i Ana-Lucia ponownie przesłuchują fałszywego Henry’ego Gale'a, a Jack opatruje rannego Locke’a. Fałszywy Henry Gale wyjawia pewną tajemnicę Locke’owi.
Bernard chce utworzyć na plaży wielki znak SOS z ciemnych kamieni, dlatego pragnie pozyskać kilkoro rozbitków, którzy pomogliby mu w pracy. W bunkrze Locke próbuje narysować na kartce mapę, która wyświetliła się na grodziach przeciwwybuchowych. Jack i Kate wyruszają do dżungli by ponownie spotkać się z brodatym kapitanem statku i porozmawiać z nim.
Ana-Lucia ponownie przesłuchuje fałszywego Gale'a, gdy ten nagle zaczyna ją dusić – na szczęście Locke przychodzi Anie z pomocą i ogłusza więźnia. Jack i Kate przyprowadzają do bunkra Michaela, który opowiada im o obozie „Innych”.
Mr. Eko widzi w śnie Anę-Lucię i swojego brata Yemiego, którzy każą mu pomóc Johnowi odnaleźć „znak zapytania”. Locke, Sawyer, Kate i Jack wchodzą do bunkra. Spotykają tam rannego Michaela. Mówi, że „Tamten”, którego rozbitkowie trzymali w bunkrze uciekł zastrzeliwszy Anę-Lucię i Libby oraz zraniwszy jego. Okazuje się, że Libby jeszcze żyje. Jack stara się uratować kobietę, jednak potrzebna mu jest do tego heroina zabrana przez Sawyera. Libby jest jednak w krytycznym stanie. Czuwa przy niej Hugo. Obwinia siebie za to, co ją spotkało, bo przecież to on zapomniał koców, po które ona przyszła do bunkra. Ostatkiem sił ze strachem w oczach kobieta wypowiada słowo Michael!. Rozbitkowie sądząc, że pyta o jego zdrowie, nie zdają sobie sprawy z tego, że wskazuje ona na zabójcę. Po tym wycieńczona umiera.
W bunkrze rozbitkowie debatują nad tym jakie kroki powinni podjąć w sprawie „Innych”. W retrospekcjach zostają przedstawione ostatnie 14 dni kiedy Michael wyruszył na poszukiwanie Walta i spotkał „Innych”. Charlie daje Claire zestaw ze szczepionkami Projektu DHARMA. Eko porzuca budowę kościoła na rzecz wciskania klawisza w stacji „Łabędź”. Ana-Lucia i Libby zostają pogrzebane. W trakcie pogrzebu rozbitkowie zauważają płynącą po oceanie łódź...
Łódź, którą zauważyli rozbitkowie podczas pogrzebu Any-Lucii i Libby okazuje się należeć do Desmonda – człowieka, który do czasu otworzenia bunkra przez Locke’a wciskał klawisz komputera w stacji „Łabędź”. Sayid chce wykorzystać łódź Desmonda do zaskoczenia „Innych”. Między Locke'iem a Eko dochodzi do kłótni odnośnie do sensu wciskania klawisza w „Łabędziu”. Michael wraz Jackiem, Kate, Sawyerem i Hurleyem wyruszają do obozu „Innych”...
Jack, Kate, Sawyer i Hurley zostają zaatakowani i pojmani przez „Innych”. Tymczasem w stacji „Łabędź” Desmond i Locke oczekują na wyzerowanie się zegara. Charlie pokazuje Mr. Eko ukryty dynamit, którym Eko chce wysadzić grodzie przeciwwybuchowe, którymi Locke i Desmond zamknęli się w pomieszczeniu z komputerem. Gdy ostatecznie Desmond chce wcisnąć klawisz, Locke niszczy komputer – w bunkrze dochodzi do wypadku...