Po tajemniczej katastrofie samolotu, 48 osób pozostaje zdanych na własne siły na wyspie Pacyfiku… mile poza kursem. Szybko staje się oczywiste, że będą musieli poradzić sobie nie tylko z siłami natury, ale także z sekretami wyspy, jak Dharma Initiative, tajemniczymi cyframi, Innymi oraz dziwnym czarnym dymem, a to tylko kilka z wielu sekretów wyspy… Jest znacznie więcej niż widać na pierwszy rzut oka. Okazuje się, że każdy jest połączony w jakiś sposób i, że każdy ma cel, by żyć na wyspie… i jakiś, by umrzeć.
Porwani pod koniec drugiej serii Jack, Kate Austen i Sawyer budzą się w różnych miejscach obozu „innych”. Sawyer jest przetrzymywany w klatce dla zwierząt, Kate w łazience, a Jack w ciemnej celi otoczonej z jednej strony szkłem. Odcinek ukazuje reakcje „Innych” na katastrofę samolotu linii Oceanic Airlines.
69 dzień na wyspie. Sun, Jin i Sayid płyną łódką na pomoc Kate, Jackowi i Sawyerowi, nawet nie wiedząc, że ci zostali porwani przez „Innych”. Porywacze zmuszają Kate i Sawyer do ciężkich prac. Tymczasem grupa „Innych” pod dowództwem Coleen odbiera łódkę Jinowi, Sayidowi i Sun. Jack nadal jest trzymany w zamknięciu w pustym oceanarium stacji Hydra. Z retrospekcji dowiadujemy się, że przed wylądowaniem na wyspie Sun zdradziła Jin'a z innym mężczyzną, ojciec dowiadując się o tym każe Jin'owi zabić owego mężczyznę. Jin nie potrafi jednak tego zrobić, więc każe mu zniknąć. Ów mężczyzna „wypada” przez okno i ginie.
W odcinku zostają ukazane losy Locke’a, Eko i Desmonda po implozji stacji „Łabędź” - Locke traci głos i postanawia „porozmawiać z Wyspą” za pomocą medytacji w namiocie, Eko zostaje zaciągnięty przez niedźwiedzia polarnego do jaskini a nagi Desmond prosi Hurleya o jakąś odzież...
Sawyer i Kate myślą nad ucieczką. Pomysł Sawyera, by porazić prądem przechodzącą osobę za pomocą maszyny, dzięki której zdobywa się jedzenie i zabrać jej kluczyk okazuje się błędny - Ben uprzedza jego zamiary i wyłącza prąd. Natomiast Kate udaje się wydostać z klatki, ale po rozmowie z Sawyerem wraca do niej.
Locke, Desmond, Mr. Eko a także Sayid oraz Nikki i Paulo idą do stacji „Perła” w celu eksploracji urządzeń tego pomieszczenia. Podczas wyprawy Mr. Eko widzi swojego zmarłego brata, a chwilę później tajemniczy potwór-czarny dym uderza nim o drzewa. Pozostali rozbitkowie słyszą potwora i biegną na miejsce. Mr. Eko wypowiada do Locka jedynie słowa: Będziecie następni, a potem umiera. Juliet zostaje oskarżona przez Bena o zdradę i rozpoczyna się jej proces. Jack, chcąc ją ratować, stawia Benowi warunek. Po operacji, w ranie na plecach Bena wdała się infekcja, więc szef „Innych” potrzebuje opieki lekarskiej. Jack obiecuje się zająć Benem, tylko wtedy, kiedy Juliet nic się nie stanie.
Eko zostaje pochowany w miejscu gdzie został zabity. Tymczasem na wyspie Hydra, Sawyer i Kate zostają ponownie zmuszeni do pracy przy wykopywaniu kamieni. Jack ostatecznie podejmuje decyzję zoperowania Bena. Podczas operacji Sheppard celowo nacina nerkę chorego i sytuacja nabiera nieoczekiwanego zwrotu...
Odcinek kontynuuje wątek poprzedniego odcinka I Do. W retrospekcjach przedstawiona zostaje historia Juliet (jest to pierwsza retrospekcja dotycząca osoby z obozu „Innych”). Sawyer i Kate wraz z Karlem - chłopakiem Alex - wydostają się z wyspy „Innych”. Pomaga im w tym Juliet, szantażowana przez Jacka. Jack kończy operację Bena. Natomiast Juliet dostaje „pozwolenie” od Bena na powrót do domu.
Desmond prowadzi Charliego i Hurleya do Locke’a i Sayida aby ci powiedzieli im co się stało z Mr.'em Eko. W czasie rozmowy Desmond zaczyna się dziwnie zachowywać by w końcu pobiec na plażę i skoczyć do morza na ratunek topiącej się Claire. Charlie i Hurley widząc, że Desmond zachowuje się dziwnie postanawiają upić Szkota by wydobyć od niego całą prawdę na temat jego zachowania. Gdy Desmond zostaje upity dochodzi do sprzeczki między nim a Charliem - w ten sposób Desmond odkrywa pewne déjà vu...
Kate i Sawyer wraz z Karlem nadal płyną łódką na główną Wyspę. Na Wyspie Hydra Jack siedzi w swojej celi, gdy nagle przychodzi Tom i oznajmia lekarzowi, że zostanie zabrany w inne miejsce. Każdego dnia do Shepparda przychodzą jedni z „Innych”, m.in. Juliet, Cindy czy Isabel. W retrospekcjach zostają przedstawione losy Jacka, kiedy ten przebywał na wyspie Phuket w Tajlandii oraz historia tatuażu, który został wykonany właśnie tam, na ramieniu lekarza.
Kate i Sawyer wracają na plażę do reszty rozbitków. Kate ma zamiar wrócić po Jacka, który został z Innymi. W tym celu, na końcu odcinka, prosi Danielle o pomoc, informując ją jednocześnie, że osoba, która pomogła wydostać się z obozu Innych jej i Sawyerowi, to córka Danielle - Alex. Podczas, gdy Hugo rozmawia z Charliem na plaży, podbiega Vincent, który niesie w pysku trupią rękę z kluczykami. Hugo idzie za psem do dżungli. Ręka okazuje się należeć do zmarłego, który siedzi w furgonetce z logo Dharmy. Hurley mówi o znalezisku na plaży, a Jin, nie wiedząc dokładnie o co chodzi, postanawia pomóc mu w uruchomieniu samochodu. W środku znajdują piwo, co przyciąga także Sawyera. Sawyer uczy Jina angielskiego. Samochód udaje się odpalić dzięki popchnięciu go w dość stromą dolinę, (w międzyczasie dołącza także Charlie).
Sayid odkrywa nową stację Inicjatywy DHARMA, która nosi nazwę „Płomień”, jednak zostaje postrzelony w ramię przez niejakiego Michaiła Bakunina, który twierdzi, że jest ostatnim żyjącym członkiem Inicjatywy. Następnie Locke próbuje wygrać partię szachów z komputerem z „Płomienia”, jednak Bakunin mówi mu, że to nie ma sensu, bo gra „oszukuje” i nie da się wygrać. Tymczasem Sayid odkrywa, że Bakunin wcale nie jest członkiem Dharmy a jednym z Innych. Gdy Sayid obezwładnia Bakunina, Locke zostaje by go pilnować, jednak po pewnym czasie postanawia ponownie zagrać w szachy z komputerem. Gdy Locke wygrywa partię, na komputerze pojawiają się komunikaty - w tym „komenda 77”...
Locke, Kate, Sayid i Russeau idą wraz z wziętym do niewoli Bakuninem do osady „Innych” zwanej „barakami”. Podczas podróży natrafiają na barierę ultradźwiękową... Tymczasem Claire nabiera podejrzeń w stosunku do Charliego, po tym jak ten wpada na pomysł, który mógłby uratować rozbitków.
Odcinek traktuje tylko o tych rozbitkach, którzy wyruszyli do wioski „Innych” by odbić Jacka. Kiedy Kate, John i Sayid docierają do osady okazuje się, że Jack dogadał się z Benem i może wraz z Juliet opuścić wyspę. Gdy Kate i Sayid próbują porozmawiać z Jackiem, zostają schwytani przez „Innych”. W tym samym czasie Locke idzie do Bena i próbuje zdobyć informacje na temat łodzi podwodnej. Po zakończonej rozmowie, udaje się z Alex na przystań. Wykorzystuje zabrane ze stacji „Płomień” C4 i wysadza łódź, którą Jack i Juliet mieli wrócić do domu. Okazuje się, że zniszczenie łodzi podwodnej było Benowi na rękę. Ten doszedł do wniosku, że powinien Locke’owi coś pokazać. Otwiera drzwi do magazynku, w którym ku zaskoczeniu znajduje się związany ojciec Johna - Anthony Cooper...
Odcinek zaczyna się od biegnącej na oślep Nikki. Dziewczyna dobiega do plaży, na której Sawyer i Hurley grają w ping-ponga. Udaje jej się wybełkotać tylko jedno niezrozumiałe słowo - po czym „umiera”. Sawyer i Hurley znajdują również „martwego” Paulo. Nikt nie zna powodu ich śmierci. Ugryzienie pająka powoduje, iż użądlona osoba wygląda jak nieżywa i ma nieodczuwalny puls. Dlatego grupa myślała, że Nikki i Paulo nie żyją. Okazuje się, iż ostatnim słowem, które powiedziała Nikki było „jestem sparaliżowana”. W międzyczasie Charlie przyznaje się Sun, że ją zaatakował i uprowadził (wątek z drugiej serii). Wyjawia również, iż był to pomysł Sawyera. Grupa nie wiedząc, iż Nikki i Paulo są sparaliżowani, urządza im pogrzeb. W momencie, gdy para jest zakopywana przez Sawyera i Hugo - Nikki nagle otwiera oczy. Jednak - nikt tego nie zauważa. Nikki i Paulo zostają pogrzebani żywcem.
Locke informuje Kate, że wraz z „Innymi” zamierza opuścić wioskę. Później do pomieszczenia, w którym przebywa dziewczyna zostaje wrzucony gaz usypiający. Budzi się w dżungli przykuta do Juliet. Kobiety zostają zaatakowane przez dymiącego potwora. Okazuje się, iż Juliet została porzucona przez „Innych” i że w celu przekonania Kate, iż jest w takiej samej sytuacji jak ona. Udaje im się uciec przed czarnym dymem za ogrodzenie wioski. Tam uwalniają Jacka i Sayida. Cała czwórka postanawia wrócić do obozu rozbitków. W obozie rozbitków Hugo informuje Sawyera, że grupa zastanawia się nad wygnaniem go z obozu. Hurley poleca Sawyerowi, by przed głosowaniem wkupił się w łaski pozostałych. W tym celu Sawyer stara się być miłym dla wszystkich. Przypadkiem dowiaduje się od Charliego, że grupa nie planowała żadnego głosowania. Okazuje się, iż intencją Hugo było uświadomienie Sawyerowi, iż to on jest teraz liderem grupy, i że jako przywódca powinien okazywać innym ludziom więcej serca.
Juliet, Jack, Kate i Sayid wracają z wioski „innych” na plażę. Sayid dalej nie ufa Juliet. W obozie rozbitków choruje Claire. Jej stan jest na tyle poważny, iż nie jest w stanie zająć się Aaronem. Powierza dziecko Charliemu. W nocy stan Claire się nagle pogarsza. Juliet mówi Kate, iż wie co dolega młodej matce oraz twierdzi, iż obecny stan Claire jest reakcją na leki, która podawał jej Ethan. Mówi, że tylko kolejna dawka serum może pomóc dziewczynie. Oznajmia również, że wie gdzie można znaleźć walizkę z lekarstwem. Za zgodą Jacka wyrusza po serum. Tymczasem Sayid i Sawyer podążają za Juliet. Gdy ta dociera do walizki, nieoczekiwanie ujawniają się. Jednak Juliet nazywa ich „fałszywymi obrońcami moralności”. Przypomina Sayidowi, iż torturował niewinnych ludzi a Sawyera, że zabił z zimną krwią mężczyznę. Claire dostaje zastrzyk z serum. Wkrótce jej stan polepsza się. Zmienia się też stosunek grupy wobec nowej osoby.
Na samym początku widzimy scenę, w której ginie Charlie Pace - wpada w pułapkę zastawioną przez Rousseau. Okazuje się, że to kolejna wizja Desmonda, która składa się z czterech części. W pierwszej części wizji Hugo „Hurley” Reyes, Jin-Soo Kwon, Charlie i Desmond odnajdują na plaży kabel. W drugi części widzą katapultującego się pilota. Trzecia część przedstawia śmierć Charliego a czwarta odnalezienie pilota. Aby urzeczywistnić wizję, Desmond namawia do wyruszenia w głąb dżungli Hurleya, Jina i Charliego. Temu ostatniemu nie mówi jednak, iż czeka go śmierć. Urzeczywistniają się wszystkie elementy wizji poza śmiercią Charliego. Desmond ratuje go w ostatniej chwili. Desmond jest przekonany, iż kobietą, która się katapultowała jest Penny. Okazuje się nią jednak być tajemnicza latynoska (jak się później okazuje o imieniu Naomi). Zna ona jednak Desmonda. W międzyczasie na wyspie Kate Austen zbliża się do Sawyera. Jack Shephard je kolacje z Juliet Burke.
Desmond Hume, Charlie Pace, Jin-Soo Kwon i Hugo „Hurley” Reyes są w dżungli. Zastanawiają się co zrobić z kobietą, którą znaleźli. Nieoczekiwanie pojawia się Michaił Bakunin (nie tłumaczy jednak jak udało mu się zmartwychwstać, bowiem został on zabity przez Locke’a w odcinku Par Avion). Walczy z Jinem. Kiedy zostaje obezwładniony obiecuje pomóc umierającej kobiecie w zamian za wolność. Robi jej drenaż. Rozbitkowie mimo oporów Charliego pozwalają mu odejść - zabierając mu uprzednio telefon, który ukradł kobiecie. Po odejściu Bakunina kobieta odzyskuje świadomość. Mówi Hurleyowi, iż to niemożliwe że on żyje - ponieważ wszyscy pasażerowie lotu 815 zostali znalezieni martwi. W tym czasie na wyspie Juliet Burke prowadzi Sun do bunkra - gdzie ustala za pomocą ultrasonografu wiek płodu. Okazuje się, iż dziecko Sun zostało poczęte przez Jina na wyspie. Juliet mówi Sun, iż wszystkie kobiety, które zaszły w ciążę na wyspie - umarły w drugim trymestrze.
Do obozu rozbitków dociera John Locke. Rozmawia jednak tylko z Sawyerem. Mówi mu, iż schwytał Bena. Oczekuje od Sawyera by ten zabił Bena. Obaj mężczyźni wyruszają w głąb dżungli, do miejsca gdzie rzekomo Locke trzyma Bena. W tym czasie do obozu rozbitków wraca Desmond, Charlie, Jin i Hurley. Przynoszą ze sobą kobietę, która ocalili. Obawiają się jednak powiedzieć o wszystkim Jackowi, podejrzewając, iż przeszedł na stronę „Innych”. Mówią za to o wszystkim Sayidowi. Ten rozmawia z kobietą. Okazuje się, iż została wynajęta przez Penelope Widmore by odnalazła Desmonda. Mówi również, iż wrak samolotu linii 815 został odnaleziony i że wszyscy pasażerowie zginęli. Kate dowiaduje się o wszystkim i mówi o kobiecie Jackowi, zarzuca mu również to, iż grupa mu już nie ufa. Rozmowę słyszy Juliet.
John przynosi Benowi ciało swojego ojca. Żąda od niego by opowiedział mu prawdę o wyspie. Ben mówi mu jednak o Jacobie, który jest jego zwierzchnikiem. Locke każe Benowi, by ten pokazał mu Jacoba. Idą do starej opuszczonej chatki. Po wejściu Locke nikogo nie widzi, okazuje się, iż Jacoba widzi tylko Ben. Locke stwierdza, że Ben jest szalony i odgrywa przed nim marne przedstawienie. Gdy zdenerwowany próbuje wyjść, nieoczekiwanie słyszy głos „Pomóż mi”. W pomieszczeniu zaczynają poruszać się przedmioty, pękają szyby, pojawiają się płomienie, Ben próbując uspokoić Jacoba, łapie za krzesło na którym rzekomo on siedzi, jednak zostaje mocno odepchnięty do ściany. W tej chwili na moment pojawia się zarys siedzącego na krześle mężczyzny. John ucieka z domku, za chwilę pojawia się przy nim Ben. Mimo wszystko Locke nadal nie wierzy w istnienie Jacoba. W drodze powrotnej do obozowiska, Ben strzela do Locke’a.
Jack wpada na pomysł jak osłabić „Innych” - w tym celu prosi o pomoc Russeau, która magazynuje dynamit z Czarnej Perły. Jack postanawia użyć dynamitu, podkładając go w oznaczonych namiotach (namioty miały być oznaczone przez Juliet dla „Innych”, by ci wiedzieli w których szałasach znajdują się „ciężarne kobiety”). Tymczasem Desmond mówi Charliemu o swoich wizjach, w których potwierdza, że tym razem Charlie musi umrzeć żeby Claire opuściła z Aaronem Wyspę. W tym samym czasie Sayid pokazuje Jackowi i Juliet plany stacji „Zwierciadło”, które zagłusza sygnał z Wyspy. Nagle do brzegu przypływa Karl - jeden z „Innych”, który ostrzega rozbitków o tym, że „Inni” się zbliżają...
Rozbitkowie są bliscy opuszczenia wyspy. Sawyer zabija Toma. Charlie Pace topi się w zlokalizowanej pod wodą stacji Zwierciadło. Jack przechwytuje Bena. Rousseau poznaje swoją córkę Alex. Locke widzi Walta - chłopiec każe mu „zrobić to co ma zrobić”. Jack razem z pozostałymi rozbitkami próbuje się skontaktować z łodzią ratunkową, z której pochodzi Naomi. Grupa Innych dostaje się do obozu rozbitków, ginie siedmiu z nich. Ben próbuje powstrzymać Jacka przed skontaktowaniem się ze statkiem Naomi.
Rozbitkowie są bliscy opuszczenia wyspy. Sawyer zabija Toma. Charlie Pace topi się w zlokalizowanej pod wodą stacji Zwierciadło. Jack przechwytuje Bena. Rousseau poznaje swoją córkę Alex. Locke widzi Walta - chłopiec każe mu „zrobić to co ma zrobić”. Jack razem z pozostałymi rozbitkami próbuje się skontaktować z łodzią ratunkową, z której pochodzi Naomi. Grupa Innych dostaje się do obozu rozbitków, ginie siedmiu z nich. Ben próbuje powstrzymać Jacka przed skontaktowaniem się ze statkiem Naomi.